במסגרת ההליכים להפרטת החברה, פרסמו החברה והמדינה ביום 30 במאי 2003 תשקיף, באמצעותו הונפקו ונמכרו מניות של החברה ואופציות הניתנות למימוש למניות החברה. בתחילת יוני 2003 החברה הונפקה לציבור ומניותיה נרשמו למסחר בבורסה לניירות ערך בתל אביב.
לאחר רכישת מניות החברה ומימוש אופציות בידי הציבור, ירדו החזקות המדינה בחברה אל מתחת ל- 50% והחברה הפכה מ"חברה ממשלתית" ל"חברה מעורבת" (כמשמעות המונח בחוק החברות הממשלתיות).
ינואר 2005 השליטה בחברה עוברת לידיים פרטיות - בעקבות מימוש אופציות נוספות, ביום 23 בדצמבר 2004 עלתה אחזקת חברת כנפיים-אחזקות ארקיע בע"מ לכ- 40% מהון המניות המונפק של החברה, וביום 6 בינואר 2005, בעקבות החלטת אסיפת בעלי מניות שכונסה לבקשת כנפיים, הוחלפו רוב חברי הדירקטוריון. כתוצאה מכך, עברה השליטה בחברה ממדינת ישראל לחברת כנפיים.
מרץ 2005
חילופי מנכ"ל - לאחר שבחודש ינואר 2005 הודיע המנכ"ל הקודם, מר עמוס שפירא, על החלטתו לפרוש מתפקידו, ביום 10 במרץ 2005 נכנס לתפקידו, מר חיים רומנו. בחודשים שלאחר מכן, בוצעו שינויים במבנה הארגוני של החברה.
ספטמבר 2005
השקת התכנית האסטרגית "אל על 2010" - ביום 20 בספטמבר 2005 אישר דירקטוריון החברה את התכנית האסטרטגית של החברה לחמש השנים הבאות ואת עקרונות יישומה. יעדי העל של התכנית כוללים שיפור משמעותי בתוצאות העסקיות עד לשנת 2010. התכנית כוללת שורה של יעדים בתחומי שיפור חווית הלקוח, טיפוח מצויינות תפעולית, חדשנות ויוזמה עסקית, הצטיידות, שיפור בתחומי המטען והתחזוקה וטיפוח המשאב האנושי (לפרטים ראה הדוח התקופתי של החברה לשנת 2005).
יולי 2006
בחודש יולי פרצה מלחמת לבנון השנייה ונמשכה עד אמצע אוגוסט. המלחמה פגעה באופן מהותי בתנועת הנוסעים מישראל ואליה. בשנת זו המשיכה אל על ביישום התכנית האסטרטגית "אל על 2010", תוך התאמה להתפתחויות אשר התרחשו במצב הבטחוני, הפוליטי והכלכלי בישראל, לרבות מלחמת לבנון השניה והשפעתה על תנועת הנוסעים, המשך מגמת העלייה במחירי הדס"ל והגברת התחרות.
יולי 2007
אל על הצטיידה במהלך השנה בשני מטוסי בואינג 777-200 חדישים המצוידים במושבים ומערכות בידור בטיסה מהמתקדמים מסוגם וכן התקשרה בהסכמים לרכישת וחכירת מספר מטוסים נוספים.
דצמבר 2007
נחתם הסכם לשיתוף פעולה (CODE SHARE) עם חברת התעופה אמריקן איירליינס, אשר מעניק לנוסעי החברה אפשרות לטיסות המשך ליותר מ-20 יעדים מרכזיים של אמריקן איירליינס ברחבי ארה"ב.
בשנת 2007 חילקה החברה לראשונה בתולדותיה דיבידנד לבעלי המניות.
2008
במהלך השנה החברה הצטיידה במטוס 747-400 ושני מטוסי 737-800 חכורים וכן התקשרה בהסכמים לרכישת ארבעה מטוסי 777-200 חדשים מחברת בואינג.